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曾国藩在后方闻听三河之变，忧心如焚，深恐安徽大局崩溃。但当得知彭玉麟处变不惊，水师岿然不动，江防稳固如初时，不禁大为感慨，在奏折和书信中多次称赞彭玉麟“忠勇果毅，能任大事”，“水师得人，江淮无忧”。彭玉麟在此次危机中的中流砥柱作用，使其在湘军集团内部乃至清廷眼中的地位愈发重要。

三河之败的阴影逐渐被克服后，湘军对安庆的围攻更加坚定。彭玉麟的水师扮演了不可或缺的角色：

彻底封锁：水师战船沿安庆江面密布，形成铁桶般的封锁线，不仅阻止了太平军从水上增援和补给，也断绝了城内守军从水路突围的可能。

火力支援：水师炮船日夜轰击安庆城墙及城外太平军据点，为陆师的壕堑作业和攻城行动提供强大火力掩护。

物资保障：长江成为湘军最重要的后勤生命线。彭玉麟确保粮饷、军械、兵员通过水路由两湖源源不断运抵前线，支撑了长达两年的围城战。

咸丰十一年（1861年）八月，湘军曾国荃部陆师在完成地道爆破后，对安庆发起总攻。彭玉麟督率水师所有炮船，集中火力猛轰北门及沿江一带，牵制敌军，配合陆师行动。是年九月初五（1861年9月5日），湘军终于攻克安庆，太平军守将叶芸来、吴定彩以下万余人战死。

安庆的克复，是太平天国战争中的决定性战役。天京失去了最后一道强有力的屏障，暴露在湘军兵锋之下。彭玉麟在此役中居功至伟，清廷赏加其巡抚衔，并赏穿黄马褂，以示殊荣。然而，当将士们欢庆胜利时，彭玉麟却独自一人登上旗舰楼船，遥望江南。他取出木匣中的干梅花，心中默念：“梅姑，安庆已克，天京在望，你……可能看见？” 功成名就，却无人分享，胜利的喜悦丝毫无法冲淡他心底的孤寂与哀思。

攻克安庆后，湘军顺流直下，兵锋直指天京。彭玉麟水师作为先锋，一路扫荡沿江太平军残存据点，于同治元年（1862年）春，进泊天京护城河口，与曾国荃陆师会合，对天京形成合围。

此时，彭玉麟已实际成为湘军水师的最高统帅（杨岳斌已调任他职），麾下战船数百，水勇逾万，旌旗蔽空，声势浩大。他驻节于天京上游的大胜关，建立水师指挥部，统筹整个天京战场的水陆协调与江防事务。

围困天京期间，彭玉麟的水师任务极其繁重：